东汉时地方行政区划设置分州、郡、县三级，州牧和刺史都是州一级的官员，太守则是郡一级的官员。
刺史一职最早出现在西汉，每个州设有刺史，刺史一职的名称在汉代曾经多次变更，当中有段时间改叫州牧，后来又改回刺史。刺史其职权是监察州内的地方官员，将结果上报朝廷。但是刺史本身的官位不高，只有六百石，而且也不能干涉地方军政事务，所以在地方上没有实权。而太守又叫郡守，是负责一郡民政、军事实物的官员，俸禄是二千石，实权很大。刺史和太守相比，两者并无直接隶属关系，太守不直接接受刺史的管辖，但是刺史可以通过监察的权力加以监管。
州牧一职出现的就比较晚了，东汉末年经过黄巾之乱，刘焉意识到中央权力在衰退，因此提出设立州牧，加强其职权，直接管理一州的军政事务，甚至能自己征兵，其实就是在州一级设置一个类似太守的职务。不过实际上之后并未在每个州设立州牧，有些州只有刺史，有些州则只有州牧。像刘焉自己就当了益州牧，而刘表是先出任荆州刺史，后来则升为荆州牧。
另外随着进入军阀混战时期，地方官员能不能管辖地方，实际上全看实力大小，比如像冀州牧韩馥就根本管不了渤海太守袁绍。而北平太守公孙瓒也不服从理论上的上司幽州牧刘虞，后来两个人交战，刘虞还兵败被杀。而刘表在担任荆州刺史时，实际行使的也是州牧的权力，直接管理地方军民事务。因此这段时间里是太守、刺史还是州牧其实关系已经不大了，谁的实力强，谁就是老大。
而且割据地方的军阀还会自己表奏某个人出任刺史或者州牧一职，所以很多人的刺史或者州牧一职只是挂号，并未实际上任。比如陶谦就曾经表刘备为豫州刺史，但是刘备驻扎在小沛，对于豫州其他地方毫无管辖权。刘备被吕布击败以后改投曹操，曹操推荐他出任了豫州牧一职，但是给他的人物确实去小沛收拾残兵，继续和吕布作战，还是没去豫州上任，自然这个豫州牧也管不了豫州下面任何一个郡的太守了。
三国时期有有荆州牧，有叫荆州刺史。也有叫襄阳太守。那时天下是十几州。比如荆州管辖荆襄九郡，下面的郡的首长都叫太守，相当于现在的市长！牧，比如荆州牧，是整个荆州的官员职称。相当于现在的省级干部，省长。刺史就不一样了，刺史是监督整个地区官员的专职干部，级别比牧高，相当于省委书记。但是在三国时期刺史权利很大，到工资不是很高，没有牧的工资高。一般一个地区有刺史的情况，就不再设置牧级的官员，如果有牧级的官员，就不再设刺史了。两个职称的官员经常互换一下。
三国时期，军阀混战，也有比较强势的太守，比如长沙太守孙坚，他受荆州的管辖，可他杀可荆州牧王睿。袁绍当时也是一个渤海太守。公孙瓒也是北平的太守。
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（一）公元前221年，秦始皇灭掉了东方六国建立了秦朝。然后，秦朝就在全国实行了“郡县制”，郡（州）的长官叫做“郡守”；县的长官叫做“县令”。秦朝总共在全国建立了“三十六个”郡（州）县。
（二）公元前202年，汉高祖刘邦建立了汉朝（也称西汉）。然后，汉朝在大体上沿袭了秦朝开创的“郡（州）县制度”：
（1）州牧。在东汉末年乃至整个三国时期，“州牧”就是坐镇一方的封疆大吏了。一个“州”的建制大致相当于现在的两个或者两个以上的省的建制。而“州牧”就是其所在的州的“党政军”的一把手了！譬如说在《三国演义》小说当中，荆州牧就是刘表了；而刘璋则是益州牧！
（2）刺史。在中国历史上，“刺史”以及“刺史制度”的产生及其建立，应该是在汉武帝时期。西汉汉武帝时期，实行“推恩令”削弱了诸侯国的权力之后，就委派一些官员到各州县去监察百官，然后被委派出去的官员就是“刺史”了！刺史直接由皇帝任命并且向皇帝负责，刺史的权力和责任通常都很重大。
（3）太守。“太守”是比州还小一个级别的“县”的最高军政长官了。譬如说，大家都比较熟悉的《三国演义》当中的“长沙郡（县）”的太守韩玄（后来被魏延所杀）。随着“太守”制度的发展，“太守”一职往往多是由文臣来担任了！
最后总结“州牧”，“太守”和“刺史”这三者的关系就是：刺史＞州牧＞太守！
三国志的职官系统说到底是从东汉继承而来的，太守是一郡的长官，刺史是刺史部的监察官，不过这种情况到了汉末有很大改变。
一、汉朝继承了秦朝的许多制度，包括职官系统
秦朝统一天下后，实行郡县制，即中央、郡、县三级，中央最高的官当然是丞相（皇帝当然最大，但不属于官了），郡里面设守（相当太守）、尉（应该是负责军事、镇压盗贼类）、监（监察官）。
到了刘邦夺取天下后，汉朝也是郡县制，但刘邦为了巩固刘姓天下，是郡县制和封建制并行，同时也封了很多刘姓王，他们的土地、实力曾经占了西汉半个天下。因此，在汉景帝时期爆发了七国之乱，但迅速被平定。经过景帝、武帝，封国被大大削弱，实际后后来逐渐只有国的名号，其国王吃封国里的爵位俸禄，但其管理已逐渐划归中央，和郡县没有了太大的差别。
汉武帝时期，将全国划分为十三个刺史部（州），负责由中央派出刺史监察地方，不过呢，这些刺史都是临时官职，级别也很低，不过呢，他们却有很大的监察权力。
二、州牧的产生
汉朝初建时本来没有州牧这种说法，不过呢，代天子牧民这种传说是早就有了的，至少在史记里关于舜帝的记载中，已经见到了十二牧。在汉朝，随着刺史权力的扩大，及其由临时派出变为常设，州牧的雏形就产生了，甚至在西汉中晚期已经出现刺史改叫州牧的事情，不过，此时的州牧并没有三国州牧那么大的权力，但已经从纯粹的监察官向地方行政长官转化。
到了东汉汉灵帝时期，为了应对地方上越来越多的叛乱，汉灵帝接受刘焉的建议，开始设立州牧，将地方上的军政民一体赋予州牧，于是带有割据性质的州牧产生了。刘焉的这条建议，有很强的私心。刘焉后来成为了益州牧，就是被刘备夺取西川的刘璋的老爹。刘表等人，显然也因此而受益。
三、东汉末年及三国时期，太守、刺史、州牧的关系
刺史本来只是监察官，不过后来常驻了，也成为了一州的行政官，说起来，其管理的范围虽较大，其实级别比太守低，刺史若不能得到当地有实力太守的支持，其实是很危险的。而太守呢，只一郡绝对的老大，不但被称为太守，也叫做郡将，从刺史到太守，其实是一种升迁，因为太守的级别比刺史高。州牧本来是从刺史发展而来的，到了后期，有实力的刺史其实已经相当于一州的长官（当然没实力的刺史就只是空壳子，因为下面还有很多有实力的太守），州牧自然就是天子认可的一州的掌控者（但是没实力也同样别提了，譬如幽州牧刘虞，不就被他底下的公孙瓒干掉了吗？冀州牧韩馥，也被渤海太守袁绍夺了位置，就是如此）。
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秦朝实行郡县制，秦始皇统一全国，分天下三十六郡，设郡守，郡监，郡尉。汉武帝时期，为了加强对地方的控制，汉武帝把天下分为十三个监察区，每个监察区为一州，每州设一刺史。《汉书》记载
初置刺史，部十三州。
秦三十六郡地图
刺就是刺探，监视的意思。所以最早的时候刺史只有监察权，而且俸禄只有六百石，九品中正制以前官员没有品级，只有品秩。就是以俸禄的多寡来看官的大小，当然也不绝对。以两千石为例，分中两千石，真两千石，和比两千石（秩同两千石）。
官员品秩图示
但是用俸禄六百石的刺史去监管俸禄数个俸禄真两千石的太守，责任大，品秩低，吃力不说，还讨不到好。所以汉成帝时期，王莽为了笼络士族，改州刺史为州牧，意思就是代天牧民，品秩也从六百石改为中两千石，已经超过了真两千石的太守。州牧获得了地方的军政大权。
汉朝十三州
汉光武帝时期，刘秀废州牧，恢复刺史。但是这个时候的刺史权利还是非常大，品秩一般是两千石。在诏书中常会提到：“刺史，两千石”。后来刺史权利进一步增强，因为朝廷常常派刺史领兵作战，掌管数郡的军事大权。在汉灵帝时期，天下糜乱，刺史权利达到最大，刺史已经成为了太守实际上的上级。
十八路诸侯讨伐董卓
甚至最后索性直接恢复了州牧，但是刺史并没有废除，那些受到皇帝信任的刺史被改成了州牧。所以一个州既然有刺史就不会有州牧，有州牧就不会有刺史。所以按照正常流程来说，东汉末年他们之间的关系就是，州牧略大于刺史，刺史则是太守的上级。
但是军阀混战时期，这些已经不是品秩能制约的了。这要看谁的军实力强，威望高。例如在十八路诸侯讨伐董卓的时候，推举的是渤海太守袁绍，而不是冀州牧韩馥或者兖州刺史刘岱。
州牧，是二千石高级官员，西汉东汉时期不断进行设置与复建。主要职权就是管辖本州军政大事，统辖兵马，安抚绥靖地方。其实也就相当于州总督。
刺史，东汉设置13州监察刺史部，是州级监察官，但级别低，只600石，与县令同级。后期与州牧逐步混同。
太守，是郡主官，2000石高官。拥有本郡的行政军政管辖权。两汉同时有国的设置，其中王国行政主官叫某国相，与太守实质相同。
黄巾暴动后东汉中央权威下降，动乱不止，刺史权力小，太守辖区小，无法有效管理。当时宗室刘焉就向汉灵帝提出，重建州牧，封重臣出任牧伯以安抚控制地方。
其实，这是刘焉听说益州有天子气，就贿赂张让等十常侍取得了益州牧职务。到任之后刘焉借口张鲁叛乱，自己封闭道路，拒绝向中央政权缴纳税金，关门做土皇帝。还首创州牧职务世袭子孙的恶劣先例。
呵呵，益州最终确实有天子气，只是便宜了刘备而已。
你可以理解为早期的三权分立，州牧掌管政务，太守掌管军务，刺史监察。三者相互协助治理一方，又相互制约避免地方权力过大过于集中。